منظور از آلوده ساختن محیط زیست عبارتست از پخش یا آمیختن مواد خارجی به آب، هوا یا خاک یا زمینبه میزانی که کیفیت فیزیکی، شیمیایی یا بیولوژیک آن را به طوری که زیان آور به حال انسان یا سایر موجودات زنده و یا گیاهان و آثار و ابنیه باشد تغییر دهد.
پالایشگاه‌های نفت، گاز، واحدهای استخراج نفت و گاز، واحدهای پتروشیمی و سایر واحدهای آلاینده و مخرب محیط زیست که استانداردها و ضوابط حفاظت محیط زیست را رعایت نمی نمایند، طبق تشخیص سازمان حفاظت محیط زیست، مشمول مالیات آلایندگی به نرخ یک درصد (۱%) فروش یا درآمد ارائه خدمات و همچنین درآمد خدمات ناشی از تولید کارمزدی خواهند بود.
تبصره ۱ـ حکم ماده۴۴ در مورد کالاها و خدمات معاف و غیر معاف و صادراتی واحدهای مذکور جاری است. درصورتی که واحد تولیدی متشکل از خطوط تولیدی مستقل و مجزا از هم باشد، عوارض آلایندگی صرفاً از فروش یا درآمد ارائه خدمات و همچنین درآمد خدمات ناشی از تولید کارمزدی خطوط تولیدی آلاینده مطالبه و وصول خواهد شد.
تبصره ۲ ـآخرین فهرست واحدهای آلاینده اعلام شده توسط مرجع یادشده در اجرای قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب۱۳۸۷ و تغییرات بعدی آن دارای اعتبار است و تغییرات راجع به افزایش یا کاهش واحدهای آلاینده توسط سازمان حفاظت محیط زیست اعلام خواهد شد.
واحدهایی که در طی سال طبق اعلام سازمان حفاظت محیط زیست به فهرست واحدهای آلاینده اضافه شوند، از اول دوره مالیاتی بعد، مشمول پرداخت مالیات موضوع این ماده خواهند بود.
واحدهای آلاینده‌ای که در طی سال نسبت به رفع آلایندگی اقدام نمایند، با درخواست واحد مزبور و تأیید سازمان حفاظت از محیط زیست از فهرست واحدهای آلاینده خارج می‌گردند. در این صورت واحدهای یاد شده از اول دوره مالیاتی بعد از تاریخ اعلام سازمان مذکور به سازمان امور مالیاتی کشور، مشمول پرداخت مالیات آلایندگی نخواهند بود.
کالاها و محصولات آلاینده یا مخرب محیط زیست {به استثنای پنج فرآورده اصلی نفتی و سوخت هواپیما} طبق تشخیص و اعلام سازمان حفاظت محیط زیست، مشمول مالیات به نرخ ده درصد (۱۰%) برای کالاهای با درجه آلایندگی و تخریب بالا و برای سایر کالاهای مذکور به نرخ پنج درصد (۵%) بهای فروش است.
سازمان حفاظت محیط زیست موظف است فهرست کالاها و محصولات آلاینده یا مخرب محیط زیست را با توجه به درجه آلایندگی آنها حداکثر تا پانزدهم اسفند ماه هر سال برای اجرا در سال بعد به سازمان امور مالیاتی کشور اعلام نماید.
تولیدکنندگان کالاهای مزبور مکلفند در زمان فروش با درج در صورتحساب، مالیات مزبور را به مأخذ بهای فروش محاسبه و ضمن درج در صورتحساب از خریداران وصول و به حسابهای تعیین شده توسط سازمان امور مالیاتی کشور واریز نمایند.
واحدهای تولیدی تولید کننده کالاها و محصولات آلاینده یا مخرب محیط زیست موضوع این ماده، در صورت تولید بر اساس سفارش کار برای دیگران، مکلفند مشخصات سفارش دهنده کالا (که تولید کننده کالا محسوب می‌گردد) و قرارداد تولید کارمزدی را قبل از تحویل کالای تولیدی به واحد مالیاتی ذیربط حسب مورد معرفی و ارائه نمایند. در غیر این صورت واحد تولیدی با سفارش دهنده کالا در پرداخت مالیات به مأخذ بهای فروش مسئولیت تضامنی خواهد داشت.
گمرک جمهوری اسلامی ایران مکلف است در زمان واردات کالاها و محصولات آلاینده، مالیات مزبور را به مأخذ مجموع ارزش گمرکی و حقوق ورودی بر اساس نرخ های مذکور محاسبه و ضمن درج در پروانه های گمرکی قبل از ترخیص از وارد کنندگان وصول و به ترتیبی که سازمان امور مالیاتی کشور تعیین می نماید به حسابهای مربوط واریز نماید.
مالیات‌های پرداخت شده بابت کالاها و محصولات آلاینده در صورتی که به‌عنوان کالاهای واسطه‌ای در تولید استفاده شوند به عنوان هزینه قابل قبول تلقی خواهد شد.
نرخ مالیات آلایندگی و فعالیت های مخرب محیط زیست در زمینه قطع و فروش چوب درختان جنگل به ازای هر متر مربع چوب، در مرحله قطع و حمل آن مشمول مالیات به نرخ ده درصد (۱۰%) بهای فروش خواهد بود.
در اجرای حکم مذکور، سازمان جنگل‌ها و مراتع کشور مکلف است مالیات موضوع این ماده را وصول و مستقیماً به ترتیبی که سازمان امور مالیاتی کشور مقرر می‌نماید به حسابهای تعیین شده سازمان مذکور واریز نمایند.
آیین‌نامه اجرایی این فصل توسط سازمان امور مالیاتی کشور و سازمان حفاظت محیط زیست تهیه و به تصویب هیأت وزیران می‌رسد.
سرمایه‌گذاری‌هایی که به منظور اصلاح واحدهای آلاینده و یا مخرب محیط زیست، و یا ارتقای کیفیت کالاهای آلاینده و یا مخرب محیط زیست با هدف حفاظت محیط زیست، در واحدهای مشمول این فصل صورت می پذیرد در سال اول قابل استهلاک خواهد بود .